Das Naturschutzgebiet Vilstal bei Marklkofen mit dem Mäandertal liegt unmittelbar an der Vils. Naturnahe Bereiche mit angepasster Nutzung reihen sich entlang der Vils wie die Perlen einer Kette. Das Naturschutzgebiet Vilstal bei Marklkofen ist in seiner Großflächigkeit, Strukturvielfalt und Artenausstattung einzigartig. Insgesamt 41 deutschland- und bayernweit gefährdete Tierarten haben hier ihr Zuhause. Als wichtigter Rastplatz für Zugvögel kommt dem Gebiet sogar europaweite Bedeutung zu. Entsprechend wurde es mittlerweile von der EU als NATURA2000-Gebiet (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie) ausgewiesen. Damit hat es einen europäischen Spitzenplatz eingenommen. Diese "Perlen des Vilstals" sind nicht nur für Pflanzen und Tiere von großem Wert, sondern selbstverständlich auch für uns Menschen. Leider bringen Freizeit und Erholungsaktivitäten auch viele Gefahren für die Natur mit sich. Deshalb unsere Bitte an alle Gäste des Naturschutzgebietes: Verhalten Sie sich so, dass Natur und Landschaft des Vilstales erhalten bleiben und sich unsere Kinder auch in Zukunft daran erfreuen können.

Das Vilstal durchzieht entlang des Flusses Vils das nördliche Isar-Inn-Hügelland von Vilsbiburg bis Vilshofen an der Donau. Das Sohlental der Vils ist einen bis drei Kilometer breit und besonders im Oberlauf westlich von Marklkofen gesäumt von Altwässern, Gehölzen und Feuchtwiesen. Eine 0,5 bis 1,5 Meter mächtige Auenlehmschicht überlagert die Schwemmlöß- und Sanddecke der pleistozänen Schotter. Die Vils und ihre Zuflüsse bilden trotz vielfacher Kanalisierung und Regulierung ausgeprägte Mäander, die sich durch ein weiträumiges Wiesental schlängeln.

In dem seit über 7000 Jahren ständig besiedelten Lebensraum liegen zahlreiche größere und kleinere Orte. Landwirtschaftlich dominiert die Ackernutzung mit Gemüseanbau. Außerdem blieben einige Altwasser, Staudensäume, Feuchtgrünland, Auwälder und in geringer Ausdehnung Eichen- Hainbuchenwälder erhalten. Zwei Naturschutzgebiete befinden sich im Vilstal: Das Naturschutzgebiet Vilstal bei Marklkofen westlich des Vilstalsees und das Naturschutzgebiet Vils-Engtal südwestlich von Vilshofen an der Donau. Ein bedeutendes Bauwerk im Vilstal ist die Klosterkirche Aldersbach. Durch das Tal verläuft der Vilstalradweg.